農村合作社注冊登記的主要流程有：
1、成立籌備組。
2、調查摸底。
3、發出倡儀。
4、認繳股金。
5、召開籌備會。
6、起草章程。
7、發展成員。
8、召開設立大會。
農村合作社好處與弊處
農民合作社的好處。
一是資源得到整合，合作社是5戶以上農民聯合起來發展，也許是土地，也許是產業等等，總而言之就是“1+1”，把資源整合在一起，這樣抗風險能力，市場競爭力都會得到加強。二是金融得到支持，合作社是新型農民主體，在工商登記備案，隨著發展，合作社的資金需求會越來也大，這個時候就可以申請助農貸款。三是可以申請政策補貼，以果蔬種植專業合作社為例，有建設高標準大棚補貼、棚膜改造補貼、育苗大棚補貼等等。四是免稅政策，針對農業合作社來說，基本都是免稅的，所以能節省很大的成本。
農民合作社的弊處。
合作社在運營好的情況下，弊處相對比較少，因為有凈收入，而且合作社正常運營，對于這種情況來說，弊處一是隨著規模的擴大，銷售會產生一定的障礙，需要不斷的去擴大市場占有率，成本會增加很多。在運營不好的情況下，弊處一是管理存在難度，合作社有涉及公積金、分紅等等，很多合作社都是虧損，會使社員失去信心而退社。二是補貼風險，很多合作社以爭取國家補貼為目的，不重視經營，結果造成國家資金流失，可能會帶來處罰。三是每年都需要報稅、年檢，這就需要一個專業的會計，否則就會帶來很多麻煩。
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